政府審計也稱國家審計，注冊會計師審計也稱社會審計，兩者的區(qū)別是：
一、管理體制的不同。
《憲法》第九十一條規(guī)定：國務院設立審計機關，對國務院各部和地方各級政府的財政收支，對國家的財政金融機構和企業(yè)事業(yè)組織的財務收支，進行審計監(jiān)督。審計機關在國務院總理的領導下，依照法律規(guī)定獨立行使審計監(jiān)督權，不受其他行政機關、社會團體和個人的干涉。第一百零九條規(guī)定：縣級以上的地方人民政府設立審計機關。地方各級審計機關行使審計監(jiān)督權，對本級人民政府和上一級審計機關負責。而《注冊會計師法》第五條規(guī)定：國務院財政部門和省、自治區(qū)、直轄市人民政府財政部門，依法對注冊會計師、會計師事務所和注冊會計師協(xié)會進行監(jiān)督、指導。《審計法》第三十條規(guī)定：社會審計機構審計的單位依法屬于審計機關審計監(jiān)督對象的，審計機關按照國務院的規(guī)定，有權對該社會審計機構出具的相關審計報告進行核查。
二、職責的不同
《審計法》第二條規(guī)定：對國務院各部門和地方各級人民政府及其各部門的財政收支，國有的金融機構和企業(yè)事業(yè)組織的財務收支，以及其他依照本法規(guī)定應當接受審計的財政收支、財務收支的真實、合法和效益，依法進行審計監(jiān)督�！秾徲嫹ā返谒臈l規(guī)定：國務院和縣級以上地方人民政府應當每年向本級人民代表大會常務委員會提出審計機關對預算執(zhí)行和其他財政收支的審計工作報告。審計工作報告應當重點報告對預算執(zhí)行的審計情況。必要時，人民代表大會常務委員會可以對審計工作報告作出決議。而《注冊會計師法》第十四條規(guī)定注冊會計師承辦下列審計業(yè)務：(一)審查企業(yè)會計報表，出具審計報告；(二)驗證企業(yè)資本，出具驗資報告；(三)辦理企業(yè)合并、分立、清算事宜中的審計業(yè)務，出具有關的報告；(四)法律、行政法規(guī)規(guī)定的其他審計業(yè)務。第十六條規(guī)定 注冊會計師承辦業(yè)務，由其所在的會計師事務所統(tǒng)一受理并與委托人簽訂委托合同。即：政府審計依照行政命令來對規(guī)定的項目進行審計，最終要對人民代表大會負責，而社會審計是接受客戶的委托簽定審計業(yè)務書，并最終對社會公眾服務。
三、審計目標上的不同
政府審計是對單位的財政收支或者財務收支的真實、合法和效益依法進行的審計，社會審計是注冊會計師依法對被審計單位會計報表的合法性與公允性進行的審計。政府審計是加強對國家財政收支、相關財務收支等經(jīng)濟活動監(jiān)督并為黨委政府決策服務，而社會審計是對反映被審計單位經(jīng)濟活動的會計報表和其他會計資料的合法性和公允性審查并發(fā)表審計意見，其本質是接受委托，提供服務，并且發(fā)表的意見具有法定的效果，為社會公共提供一個鑒證，并要負法律后果。
四、程序的不同
國家審計其流程大體為：編制審計項目計劃、送達審計通知書、調查取證、征求被審計單位意見、出具審計報告、做出處理處罰審計決定。而注冊會計師審計的流程則明顯不同，分為：調查了解被審計單位基本情況、簽定審計業(yè)務約定書，初步內部控制評價、編制審計計劃、現(xiàn)場實施（包括符合性測試和實質性測試）、同被審計單位溝通、出具審計報告。政府審計程序體現(xiàn)行政的強制性，而社會審計更體現(xiàn)受托審計。
五、執(zhí)業(yè)標準的不同
政府審計是審計機關依據(jù)《中華人民共和國審計法》、《審計法實施條例》和國家審計準則進行的審計。注冊會計師審計是注冊會計師依據(jù)〈中華人民共和國注冊會計師法〉和獨立審計準則進行的審計。
六、經(jīng)費來源或收入來源不同�！秾徲嫹ā返谑粭l規(guī)定：審計機關履行職責所必需的經(jīng)費，應當列入財政預算，由本級人民政府予以保證。注冊會計師的審計收入來源于審計客戶，由注冊會計師和審計客戶協(xié)商確定。
七、發(fā)現(xiàn)問題的處理權限不同
審計機關審定審計報告，對審計事項作出評價，出具審計報告；對違反國家規(guī)定的財政收支、財務收支行為，需要依法給予處理、處罰的，在法定職權范圍內作出審計決定或者向有關主管機關提出處理、處罰意見。
注冊會計師對審計過程中發(fā)現(xiàn)需要調整和披露的事項只能提請被審計單位挑戰(zhàn)和披露，沒有行政強制力。注冊會計師可以針對各種情況出具無保留意見、保留意見、否定意見和無法表示意見。
八、取證權限不同
《審計法》第三十三條規(guī)定：審計機關進行審計時，有權就審計事項的有關問題向有關單位和個人進行調查，并取得有關證明材料。有關單位和個人應當支持、協(xié)助審計機關工作，如實向審計機關反映情況，提供有關證明材料。審計機關有權查詢被審計單位在金融機構的賬戶，有權查詢被審計單位以個人名義在金融機構的存款。
注冊會計師在獲取證據(jù)時很大程度上有賴于被審計單位及相關單位配合和協(xié)助，對被審計單位及相關單位沒有行政強制力。
