1.專用發(fā)票的使用權不同。增值稅專用發(fā)票是增值稅一般納稅人銷售貨物或者提供應稅勞務開具的發(fā)票，一般納稅人應通過增值稅防偽稅控系統(tǒng)使用專用發(fā)票。增值稅小規(guī)模納稅人需要開具專用發(fā)票的，可向主管稅務機關申請代開。
2.稅款抵扣的方式不同。一般納稅人可以憑專用發(fā)票等扣稅憑證進行進項稅額的抵扣，小規(guī)模納稅人由于其征收率已統(tǒng)一考慮了扣稅的因素，因此，不再擁有憑專用發(fā)票扣稅的權利。
3.應納稅額的計算方法不同。一般納稅人采用由當期銷項稅額抵減當期進項稅額的方法計算應繳稅款，即應納稅額=當期銷項稅額-當期進項稅額，而小規(guī)模納稅人實行簡易辦法計算應納稅款，即按照銷售額和規(guī)定的征收率計算應納稅額，計算公式為：應納稅額=銷售額×征收率。但符合一般納稅人條件如果不申請辦理一般納稅人認定手續(xù)的和會計核算不健全，或者未能提供準確稅務資料的一般納稅人，應按銷售額依照增值稅稅率計算應納稅款，不得抵扣進項稅額，也不得使用增值稅專用發(fā)票，即應納稅額=銷售額×增值稅稅率。
4.含稅的銷售額換算公式不同。一般納稅人的含稅銷售額換算成不含稅銷售額，其換算公式為：銷售額=含稅銷售額÷（1+稅率17%或13%）。小規(guī)模納稅人的含稅銷售額換算為不含稅銷售額，換算公式為：銷售額=含稅銷售額÷（1+征收率3%）。
