自2010年1月1日起，建筑企業(yè)總機(jī)構(gòu)應(yīng)匯總計(jì)算企業(yè)應(yīng)納所得稅，按照以下方法進(jìn)行預(yù)繳。
�。ㄒ唬┛倷C(jī)構(gòu)只設(shè)跨地區(qū)項(xiàng)目部的，扣除已由項(xiàng)目部預(yù)繳的企業(yè)所得稅后，按照其余額就地繳納；
（二）總機(jī)構(gòu)只設(shè)二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的，按照國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件規(guī)定計(jì)算總、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)繳納的稅款；
�。ㄈ┛倷C(jī)構(gòu)既有直接管理的跨地區(qū)項(xiàng)目部，又有跨地區(qū)二級(jí)分支機(jī)構(gòu)的，先扣除已由項(xiàng)目部預(yù)繳的企業(yè)所得稅后，再按照國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件規(guī)定計(jì)算總、分支機(jī)構(gòu)應(yīng)繳納的稅款。
總機(jī)構(gòu)年終匯算清繳后應(yīng)納所得稅額小于已預(yù)繳的稅款時(shí)，由總機(jī)構(gòu)主管稅務(wù)機(jī)關(guān)辦理退稅或抵扣以后年度的應(yīng)繳企業(yè)所得稅。且總機(jī)構(gòu)在辦理企業(yè)所得稅預(yù)繳和匯算清繳時(shí)，應(yīng)附送其所直接管理的跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)項(xiàng)目就地預(yù)繳稅款的完稅證明。
根據(jù)《關(guān)于轉(zhuǎn)發(fā)<國(guó)家稅務(wù)總局關(guān)于跨地區(qū)經(jīng)營(yíng)匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理若干問(wèn)題的通知>的通知》（滬國(guó)稅所〔2009〕52號(hào)）（國(guó)稅函〔2009〕221號(hào)）第一、第二條規(guī)定，
二級(jí)分支機(jī)構(gòu)是指總機(jī)構(gòu)對(duì)其財(cái)務(wù)、業(yè)務(wù)、人員等直接進(jìn)行統(tǒng)一核算和管理的領(lǐng)取非法人營(yíng)業(yè)執(zhí)照的分支機(jī)構(gòu)。
預(yù)繳時(shí)，總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)處于不同稅率地區(qū)的，先由總機(jī)構(gòu)統(tǒng)一計(jì)算全部應(yīng)納稅所得額，然后按照國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，計(jì)算劃分不同稅率地區(qū)機(jī)構(gòu)的應(yīng)納稅所得頓，再分別按各自的適用稅率計(jì)算應(yīng)納稅額后加總計(jì)算出企業(yè)的應(yīng)納所得稅總額。再按照國(guó)稅發(fā)〔2008〕28號(hào)文件第十九條規(guī)定的比例和第二十三條規(guī)定的三因素及其權(quán)重，向總機(jī)構(gòu)和分支機(jī)構(gòu)分?jǐn)偩偷仡A(yù)繳的企業(yè)所得稅款。
